هدف از حسابرسی پس از ترخیص، بررسی و انطباق اظهارنامه های تسلیمی به گمرک با قوانین و مقررات مربوط و پرداخت صحیح حقوق ورودی، مالیاتها و عوارض متعلق است. گمرک ایران می تواند جهت حصول اطمینان و صحت اظهار از طریق بررسی دفاتر، سوابق مالی، نظام های بازرگانی، سوابق ترخیص مکاتباتی و اطلاعات بازرگانی نگهداری شده توسط اشخاص حقیقی و حقوقی که به طور مستقیم و یا غیر مستقیم در واردات و صادرات کالا دخالت دارند، اقدام نماید.
تبصره۱ـ حسابرسی پس از ترخیص توسط حسابرسانی که در امور گمرکی مهارتهای لازم را دارند، انجام می شود. گمرک در صورت لزوم می تواند از خدمات سازمان حسابرسی (وابسته به وزارت امور اقتصادی و دارایی) یا موسسات حسابرسی مورد تایید سازمان حسابرسی یا جامعه حسابداران رسمی ایران نیز استفاده نماید.
تبصره۲ـ به منظور عملیاتی نمودن حسابرسی پس از ترخیص، ایجاد واحد حسابرسی پس از ترخیص در گمرک ایران و پست های سازمانی برای حسابرسان آن الزامی است.